Сюжет второго сезона под названием Ноль происходит в альтернативной временной линии и рассказывает о событиях, которые следуют за оригинальной историей. После событий оригинальной части главный герой, Ринтаро Окабэ, оказывается в состоянии глубокой депрессии из-за трагических последствий, которые он не смог предотвратить. Он оставляет свои исследования и лабораторию, переживая внутренний кризис.
В это время Окабэ знакомится с Амадеусом, искусственным интеллектом, который является виртуальной копией человека. Окабэ пытается участвовать в разработке Амадеуса, надеясь, что это поможет ему забыть о прошлых ошибках. Однако он вскоре обнаруживает, что технология Амадеуса связана с событиями, которые могут привести к ещё более серьёзным последствиям. Тайтл исследует темы идеальных миров, искусственного интеллекта, временных парадоксов и последствий принятия сложных решений. Герои сталкиваются с моральными дилеммами и пытаются найти путь к решению проблем, которые касаются как их личных жизней, так и будущего всего человечества.
